Rotavírus sa dostáva do tela z okolitého prostredia prostredníctvom zažívacieho traktu. Kým sa aktivuje a objavia sa prvé príznaky, zväčša prebehne 24 – 48 hodín. Rotavírus postihuje sliznicu tráviaceho systému.
Infekcia sa môže prejaviť príznakmi od vracania a krátkotrvajúcej miernej vodnatej hnačky až po závažný zápal tenkého čreva, ktorý je sprevádzaný životohrozujúcou stratou tekutín. Okrem toho sa často vyskytujú bolesti brucha a horúčka. Vracanie a horúčka ustupujú v priebehu 2-3 dní, kým hnačka pretrváva 5-8 dní.
Prvá infekcia rotavírusom je obyčajne najťažšia, pričom nasledujúce infekcie vyvolávajú čoraz miernejšie príznaky.
Organizmus malého dieťaťa sa bráni a odmieta prijímať akékoľvek látky. V takomto prípade hrozí dehydratácia organizmu a telíčko môže stratiť pre život dôležité množstvo tekutín. Je nevyhnutné vyhľadať lekára, ktorý môže stav posúdiť ako vážny a nariadiť hospitalizáciu.
Pokiaľ má rotavírusovová infekcia miernejší priebeh, mala by do týždňa odoznieť.